寶蓮禪寺在2000年籌建萬佛寶殿，將古代佛教藝術與現代建築風格相結合。萬佛寶殿建在大雄寳殿背後，樓高五層，佔地6000多平方米，內設萬佛殿、藏經閣、方丈室、法堂、永久戒壇、佛教文物展覽館以及多功能廳，是一座集弘法、宗教修持、歷史文化和旅遊於一體的重要傳統文化教育基地。萬佛寶殿地下層為多功能廳，為舉辦日常活動及法會的場所。

依據《大方廣佛華嚴經》，佛陀在菩提樹下成正等正覺時說：「善哉！善哉！大地眾生，皆具有如來智慧德相，皆因妄想執著，而不能證得。」換而言之，眾生皆有佛性，人人皆可成佛。無始劫以來，無數眾生，依佛之教誨修行，而成佛者不計其數，何止萬佛！故有「萬佛寶殿」之說。