宝莲禅寺以现代化的董事会制度管理寺院。

所有董事均由出家人担任，而方丈、监院、知客等职事皆由董事们推举出来。

寺内日常运作，以方丈(即住持)为寺中之首；监院即副寺，负责协助方丈管理寺内一切行政、生活事务，遇重要事情则由董事会商议决定。

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